ラテン文字圏の (一部の) 新聞や雑誌、学実雑誌、書籍などは大体次のようにします。
ラテン文字の場合 (アクセントなど付も含む)、そのまま。
ラテン文字以外の場合、ラテン文字 (アクセントなど付も含む) に変更されたものと、都合に応じて元のもの (例えば括弧内)、場合によって逆。
Linux とかは分かりませんが、W3C ではそのような例は結構あります。
例: http://www.w3.org/TR/SVG/ の著者のリストの中に次の著者名があります:
Erik Dahlström
藤沢 淳 (FUJISAWA Jun)
Ruby の ChanggeLog からいくつかの例を取り出しますと、例えば
Yukihiro Matsumoto (松本ゆきひろ)
中田 伸悦 (Nobuyoshi Nakada)
笹田耕一 (Koichi Sasada) [または Kōichi Sasada とか]
Marc-André Lafortune
Martin Boßlet
Martin Dürst
(現在はないが、将来に考えられる)
Юрий Соколов (Yuri Sokolov)
個人的にはこのような書き方を許すのは結構いいと思います。もちろん使いたくない方は今まで通りでいいのではないかと思います。